Musterlösung charakterisierung oberstufe

Obwohl es für die Verwendung in WAXS angepasst wurde, scheinen die in CRYSOL verwendeten Rechenannahmen für die Berechnung der Weitwinkelstreuung unzureichend zu sein (Bardhan et al., 2009). Die Verwendung eines Lösungsmittelkontinuums führt nicht zu einer genauen Berechnung der WAXS-Streuung ohne verfeinern von zwei freien Parametern; eine über das ausgeschlossene Volumen und die andere mit der Gewichtung der Lösungsschicht (Bardhan et al., 2009; Park et al., 2009). Der optimale Wert dieser Parameter scheint von der Art der Proteinoberfläche abhängig zu sein und ist im Allgemeinen für jedes Protein unterschiedlich. Die genaue Berechnung von Lösungsstreudaten über das SAXS-Regime hinaus erfordert die Berücksichtigung der Inhomogenitäten der Lösungsschicht. Eine solche Berechnung kann mit einem statistischen Ansatz für die Verteilung von Wasser um verschiedene Proteinoberflächengruppen (J. Virtanen, T.R. Sosnick und K.K. Freed, persönliche Kommunikation) durchgeführt werden, oder es kann eine explizite atomare Darstellung von Wasser verwenden (Park et al., 2009). Auf den ersten Blick sollte die Berechnung der Lösungstreuung aus einem Protein einfach und genau mit der Debye-Formel durchgeführt werden, die die gestreuten Intensitäten als gewichtete Summe aller interatomaren Vektoren im Protein ausdrückt. Dass dies keine ausreichende Schätzung der Streuung aus einem Protein liefert, liegt daran, dass das Protein in Lösungsmittel getaucht ist (z.B.

Lattman, 1989). Dies führt zwei zusätzliche Überlegungen ein; die Wirkung des Ausschlusses von Wasser aus dem Inneren des Proteins; und die Wirkung der Lösungsschicht, die von vielen Forschern gezeigt hat, dass sie Eigenschaften hat, die sich von denen von Schüttwasser unterscheiden. Wenn ein Kontinuumsmodell von Wasser verwendet wird, muss das Volumen, aus dem Wasser ausgeschlossen wird, berechnet und berücksichtigt werden. Dies geschieht häufig mit „Dummatomen“, die an den Positionen jedes Atoms des Proteins zentriert sind und ein (negatives) „Gewicht“ haben, das proportional zur Anzahl der vom Atom ausgeschlossenen Lösungsmittelelektronen ist (Fraser, Macrae und Suzuki, 1978). Diese Annäherung ist für das SAXS-Regime ausreichend, scheint aber Fehler zu verursachen, wenn sie zur Berechnung der Streuung in größeren Winkeln verwendet wird (Bardhan et al., 2009). Der beste Ansatz zur Modellierung ausgeschlossenen Volumens kann die Cube-Methode sein, die vor vielen Jahren eingeführt wurde (Pavlov und Fedorov, 1983), aber aufgrund der Rechenanforderungen sparsam eingesetzt wird. In letzter Zeit haben effizientere Algorithmen für seine Verwendung zusammen mit dem bereiten Zugriff auf eine größere Rechenleistung seine Neubetrachtung motiviert (Bardhan et al., 2009). Nachweisgrenzen für einzelne Phasen sowie die Präzision und Genauigkeit der mineralogischen Analyse werden durch geometrische Faktoren beeinflusst. Da die CCD außerhalb der Mitte ist und eine endliche Größe hat, werden Beugungsringe nicht vollständig von der CCD erfasst. Der Anteil jedes Rings, der von der CCD erfasst wird, ist eine Funktion von 2 ..